TR-Dizin İndeksli Yayınlar Koleksiyonu
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.14627/9
Browse
8 results
Search Results
Article Sakarya İlinde İçme ve Kullanma Sularından İzole Edilen Escherichia Coli Suşlarının Antibiyotik Direnç Durumlarının Belirlenmesi(2024) Naşide,; Kılbaş, Elmas Pınar Kahraman; Çıftcı, Ihsan HakkıSu sistemlerinde patojen kontaminasyonu giderek artmakta ve bu durum, özellikle çocuklar arasında gastrointestinal enfeksiyonların artmasına yol açmaktadır. Bu çalışmanın amacı, Sakarya il sınırlarında içme ve kullanma sularındaki Escherichia coli kontaminasyon riskini belirlemek ve izole edilen suşların antibiyotik direnç durumlarını incelemektir. Sakarya ilçelerinden 2023-2024 yılları arasında toplanan 450 su numunesinden E. coli izolasyonu, membran filtreleme yöntemi ve kromojenik koliform agar (CCA) kullanılarak yapıldı. Bakterilerin antibiyotik dirençleri disk difüzyon yöntemi ile değerlendirildi. Çalışmada 450 su numunesinin %15,6'sında E. coli tespit edildi. Geyve ilçesinden alınan su numunelerinin %72'sinde E. coli bulunmuş olup, bu oran diğer ilçelere göre istatistiksel olarak anlamlı derecede yüksek bulundu (p<0.05). İzole edilen suşların %25,71'inin bir veya daha fazla antibiyotiğe dirençli olduğu belirledi. E. coli suşları genel olarak karbapenemler ve 3. kuşak sefalosporinlere duyarlıdır, ancak bazı bakteri izolatlarında penisilin ve sefalosporinlere karşı direnç tespit edildi. Tarım ve hayvancılığın yoğun olduğu bölgelerde içme ve kullanma sularında yüksek E. coli kontaminasyonu ve antibiyotik direnci tespit edilmiştir. Bu durum, yanlış ve aşırı antibiyotik kullanımının bir sonucu olarak görülmektedir. İçme sularındaki bu kontaminasyon, halk sağlığı açısından büyük bir risk oluşturmaktadır. İçme ve kullanma sularındaki E. coli varlığı, suyun dezenfeksiyonunda eksiklikler olduğunu ve fekal kontaminasyon riskini işaret etmektedir. Su arıtma tesislerinin ve dezenfeksiyon yöntemlerinin iyileştirilmesi, antibiyotik direncinin önlenmesi ve halkın bilinçlendirilmesi büyük önem taşımaktadır. Bu çalışmanın sonuçları, suyun güvenli ve hijyenik bir şekilde temin edilmesinin gerekliliğini vurgulamaktadır.Article Pandeminin Gölgesinde Geçen 2 Yıl: Sorularla Covıd-19(2022) Kilbaş, İmdat; Kılbaş, Elmas Pınar Kahraman; Çıftcı, Ihsan HakkıCOVID-19 salgını ilk olarak 2019 yılında Çin’de başlamıştır. SARS-CoV-2 virüsünün neden olduğu bu hastalık kısa süre içinde bir pandemi haline gelmiştir. COVID-19’un beraberinde getirdiği toplumsal problemler, bu hastalıkla ilgili temel ve kanıta dayalı bilgilere yönelik çok sayıda soru gündeme getirmiştir. COVID-19 ile ilgili aşı ve tedavi çalışmaları artan hızda devam etmektedir. Bu makalede, COVID-19’un virolojisi, immünolojisi, tanısı, komorbiditeleri, epidemiyolojisi, tedavisi ve aşı geliştirme çalışmaları hakkında bazı sorular cevaplanmıştır.Article Covıd-19 Enfeksiyonlarında Dizi Analizi Yöntemlerine Genel Bakış(2022) Kılbaş, Elmas Pınar Kahraman; Aslan, Ferhat Gürkan; Altindis, MustafaŞiddetli akut solunum sendromu koronavirüs 2 (SARS-CoV-2), koronavirüs hastalığı 2019'un (COVID-19) etkeni olarak tanımlandı ve genomik veriler ilk olarak 10 Ocak 2020'de Çin tarafından paylaşıldı. O tarihten itibaren, dünya genelinde toplanan örneklerden viral genomu dizilemek için çok büyük çaba harcandı. Yakın geçmişte, kökenleri izlemek ve bulaşıcı ajanların evrimini anlamak, salgınların yayılma zincirlerini araştırmak, hem etkili ve hızlı moleküler tanı testlerinin geliştirilmesini kolaylaştırmak hem de tedavi ve aşıların araştırılmasına katkıda bulunmak için, yeni nesil dizileme (NGS) stratejileri, başarıyla kullanılmıştır. Teknoloji ve bilimdeki son gelişmeler, COVID-19'un etkeni olan ağır akut solunum sendromu koronavirüsü-2'nin (SARS-CoV-2) genomlarının, bir vakanın tanımlanmasından sonraki saatler veya günler içinde dizilenmesine olanak sağlamıştır. Bu sayede, ilk kez, bir pandeminin halk sağlığı ve epidemi boyutu gerçek zamanlı olarak izlenebilmektedir. SARS-CoV-2 genom dizilerinin erken paylaşımı, moleküler tanı testlerinin hızla geliştirilmesine olanak sağlayarak, küresel hazırlığa ve karşı önlemlerin tasarımına katkıda bulunmuştur. Hızlı, büyük ölçekli virüs genom dizilimi, viral salgınların dinamiklerini anlama ve kontrol önlemlerinin etkinliğini değerlendirmede oldukça önemlidir. SARS-CoV-2 gen dizilimi, gelişmiş tanılar, karşı önlemlerin geliştirilmesi ve hastalık epidemiyolojisinin araştırılması dahil olmak üzere birçok farklı alanda kullanılabilir. COVID-19'un etiyolojik ajanının genomik dizisini tam olarak tanımlamak için etkili ve hızlı dizileme yöntemlerinin geliştirilmesi, tanısal moleküler testlerin tasarımı ve pandemi yayılımını azaltmada etkili önlemlerin alınması ve stratejilerin belirlenmesinde temel olmuştur. Mevcut dizilerin sayısından anlaşıldığı gibi, SARS-CoV-2 genomlarına, farklı yaklaşımlar ve dizileme yöntemleri uygulanabilir. Bununla birlikte, her teknoloji ve dizileme yaklaşımının kendi avantajları ve sınırlamaları vardır. Bu derlemede, SARS-CoV-2 genomlarının dizilenmesi için şu andaki mevcut platformlar ve metodolojik yaklaşımlardan bahsedilecektir.Research Project Yeşil Kimya Teknikleri ve Moleküler Docking Yöntemleri ile Yeni Florokinolon Hibrit Moleküllerin Sentezi, Dna Giraz, Topoizomeraz Iv İnhibisyonu ve Antibakteriyel Aktivitelerinin Araştırılması(2021) Durukan, İnci; Kulabaş, Necla; Akdemir, Atilla; Faiz, Özlem; Ayvaz, Aslıhan; Kilic, Ali Osman; Demirbaş, Ahmet; Azafad, İmaneBu projede öncelikle, literatür verilerinden ve grubumuzun daha önceki çalışmalardan elde ettikleri sonuçlara (yapı-aktivite ilişkileri, SAR) dayanılarak DNA giraz ve topoizomeraz IV inhibisyonu göstermesi öngörülen ve florokinolon-heterohalka hibrit bileşikleri içeren sanal veribankası oluşturulmuştur. Daha sonra bu veribankasından ön çalışmalarımızda geliştirdiğimiz ve valide ettiğimiz sanal tarama yöntemleri ile E. coli veya S. aureas DNA giraz veya DNA topoizomeraz IV enzimlerini inhibe etme potansiyeline sahip olan 75 bileşik sentez için önerilmiştir. Sentezlenen bütün bileşikler enzim inhibisyonu ve antimikrobial aktivite deneylerinde test edilmiştir. Sentezlenen bileşiklerin bazılarının giraz ve topoizomeraz IV inhibisyonu göstermemesine karşılık bilinen antibakteriyel ilaçlar olan norfloksazin, siprofloksazin kadar veya onlara yakın derecede antibakteriyel aktivite göstermesi, bunların florokinolon antibiyotiklerinden farklı bir mekanizma üzerinden etki ettiklerini göstermektedir ki bu durum özellikle ilaç direnci probleminin üstesinden gelme çalışmalarına katkı sağlama potansiyeli göstermektedir. Sentez çalışmalarında geleneksel ısıtma veya karıştırma yöntemlerine ilaveten mikrodalga veya ultrasonik ışınlandırma tekniklerinin de denenmiş ve geleneksel yöntemlere üstünlük sağlayan sonuçların elde edilmiş olması, bu çalışmayı yeşil kimya tekniklerinin geliştirilmesi açısından da değerli kılmaktadır.Article Gentamisin Konjuge Selüloz Nanokristallerinin Hazırlanması ve Farklı Mikroorganizmalar Üzerindeki Etkinliğinin Değerlendirilmesi(2021) Gülsu, Aydan; Yüksektepe, EcemTekstil üretiminde ortaya çıkan büyük miktarlardaki atık pamuk malzemesi, çevre sorunlarına ve kaynakların tükenmesine neden olmaktadır. Atık pamuğun geri dönüştürülmesinin en etkili yollarından biri nanokristalin selüloz üretimidir. Selüloz nanokristaller, çeşitli özelliklerinden dolayı biyomedikal uygulamalarda büyük ilgi görmektedir. Bu çalışmada atık pamuktan asit hidrolizi ile selüloz nanokristaller tek aşamada üretilmiştir. Selüloz ekstraksiyonu, atık pamuktan alkali muamelesi ile gerçekleştirildikten sonra selüloz nanokristaller, nitrik asit (%68 w/w) ve hidroklorür asit (%37 w/w) karışımı asit hidroliz metodu ile izole edilmiştir. Selüloz nanokristaller, sodyum periyodat (NaIO4) ile oksitlenerek modifiye edilmiştir. Hazırlanan selüloz nanokristaller, Transmisyon elektron mikroskobu (TEM) ve Fourier dönüşümlü kızılötesi spektroskopisi (FTIR) ile karakterize edildikten sonra gentamisin konjugasyon çalışmaları yapılmıştır. Gentamisin konjuge selüloz nanopartiküllerin, Escherichia coli (E. coli), Staphylococcus aureus (S. aureus), Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa), Klebsiella pneumoniae (K. pneumoniae)'ye karşı antimikrobiyal aktiviteleri ve Candida Albicans'a (C. albicans) karşı antifungal etkisi araştırılmıştır. Sonuçlar, periyodat oksitlenmiş selüloz nanokristallerinin bakteri ve mantar üzerinde etkili olduğunu doğrulamıştır.Article Citation - WoS: 3Citation - Scopus: 2Morphological and Biochemical Investigation of the Protective Effects of Panax Ginseng on Methotrexate-Induced Testicular Damage(Istanbul Univ, 2023) Karakaya-Cimen, Fatma Bedia; Macit, Caglar; Sivas, Guzin Goksun; Akbay, Tugba Tunali; Sener, Goksel; Ercan, Feriha; Cımen, Fatma Bedia KarakayaObjective: Methotrexate (MTX) is a chemotherapeutic agent that causes testicular toxicity used in the cure of various types of cancer. The anti-oxidant and anti-cancer effects of Panax ginseng (PxG) have been reported in both experimental and clinical studies. This study aims to examine the healing effect of PxG on testicular damage induced by MTX. Materials and Methods: Sprague Dawley male rats (8-week-olds) were used in the study. A single dose ofMTXdissolved in saline (20 mg/kg) was given to MTX and MTX+PxG groups by intraperitoneal injection. PxG dissolved in saline (100 mg/kg) was given by orogastric gavage once a day for 5 days to the MTX+PxG group. Saline was given to the control and MTX groups orally during the experiments. After decapitation, the testis sampleswere obtained. Seminiferous tubules and basement membranewere evaluated histopathologically. Seminiferous tubule diameter and germinal epithelium thickness were measured. Furthermore, oxidative stress parameters such as malondialdehyde, glutathione, superoxide dismutase, and glutathione-S-transferase were measured. Results: MTX treatment caused seminiferous tubule degeneration with a decrease in Johnsen's score, the seminiferous tubule's diameter, and the germinal epithelium's thickness. Parallel with the histopathological results increased testicular oxidative stress with an increase in malondialdehyde level and a decrease of endogenous anti-oxidant activity with a decrease in glutathione level and glutathione-S-transferase and superoxide dismutase activities. PxG treatment improved these histological and biochemical parameters in MTX-induced testis cytotoxicity. Conclusion: MTX treatment causes testicular damage via the oxidative processes. PxG treatment ameliorates MTX-induced testicular damage by inhibiting oxidative stress.Article Antimicrobial Effect of Drinkable Lugol Solution(2024) Tunç, Ayşe Karacalı; Sarıtaş, Büşra Merve; Marzi, Mahdi; Dursun, Feray; Kaya, ŞevinThe death rates due to infection in patients receiving long-term antibiotic treatment and hospitalized patients are quite alarming. Treatment of multidrug-resistant strains of Acinetobacter baumannii, Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa and Staphylococcus aureus, which cause widespread nosocomial infection, has become a global problem. Alternative treatment methods are needed for these species, which use all their resistance mechanisms day by day. Recently, it has been seen that iodine (lugol) solution has been used in the treatment of many infections. Significant results are observed, especially for nosocomial and wound infections. The literature on the antimicrobial effect of Lugol solution is very limited. In order to scientifically support such treatments, we aimed to investigate the antimicrobial effect of lugol on resistant bacteria in a laboratory environment. In our laboratory, we have previously isolated Acinetobacter baumannii, Shigella sonneii, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa and Staphylococcus aureus strains with known antibiotic resistance. For these isolates, the agar dilution method prepared with different concentrations of lugol and the Broth Microdilution Method were used. As a result of our study, it was observed that drinkable Lugol solution affects multidrug-resistant microorganisms at very low concentrations. Thus, Lugol's success in infection treatments will be scientifically supported.Article Citation - Scopus: 1A Systematic Review And Meta-analysis Of The Prevalence, Risk Factors, Agents And Laboratory Diagnosis Of Vulvovaginal Candidiasis İn Türkiye;(Refik Saydam National Public Health Agency (RSNPHA), 2024) Kilbaş, İ.; Kilbaş, E.P.K.; Çİftçİ, İ.H.Objective: Vulvovaginal candidiasis (VVC) is the most common superficial mycosis among women, and it is estimated that 75% of women experience at least one in their lifetime, and about 40-50% have a second exposure. This study aims to determine the prevalence, risk factors, etiological factors and laboratory diagnosis of VVC in Türkiye. Methods: In the study, original scientific articles for the reporting of VVC epidemiological features published in English and Turkish languages in national and international databases (PubMed, Embase, Scopus, Google Scholar, Web of Science and Turkish Medline) between January 1995 and December 2021 were searched. Electronic databases were searched using various combinations of “vaginal yeast infection”, “vaginal candidiasis”, “vulvovaginal candidiasis Turkey”, “candidal vaginitis”, “Candida vaginitis”, “vaginal candidosis”, “Candida species”, “epidemiology” key terms. Results: The mean prevalence of VVC in adult women was found to be 57.91% in all of the 28 included studies, and 68.21% in the 2-18 age group. Considering the causative distribution, the most common Candida albicans (54.76%), Candida glabrata (24.04%), other Candida species (12.29%), Candida krusei (3.68%), Candida kefyr (3.37%), and Candida tropicalis (2.07%) positivity has been reported. In the included studies, the most common predisposing factors of the patients were pregnancy (35.71%) and diabetes (35.71%). When the articles were examined according to the year they were published and the provinces, it was seen that the prevalence of Candida did not differ significantly (p>0.05). In the studies, VITEK®2 (bioMérieux, Marcy l’Etoile, France) automatic identification system (15), Germ tube (7) and CHROMagar (7) diagnostic methods were used to identify strains. As a result of the meta analysis, it was determined that there was a high level of heterogeneity among studies (I2=95.28). Conclusion: As a result of our meta-analysis study, the prevalence of VVC was found to be high in women and children in Turkey. In addition, it was determined that non-albicans species increased in the etiology of VVK. It has been observed that the incidence of C. glabrata species in the etiology of VVC has increased since 1999. Considering that VVK infection increases the susceptibility to other sexually transmitted diseases, as well as the risk of preterm birth and congenital cutaneous candidiasis in pregnant women, it is essential to raise awareness of patients on issues such as treatment follow-up and protection from the disease. © (2024), (Refik Saydam National Public Health Agency (RSNPHA)). All Rights Reserved.