TR-Dizin İndeksli Yayınlar Koleksiyonu
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.14627/9
Browse
10 results
Search Results
Article Sakarya İlinde İçme ve Kullanma Sularından İzole Edilen Escherichia Coli Suşlarının Antibiyotik Direnç Durumlarının Belirlenmesi(2024) Naşide,; Kılbaş, Elmas Pınar Kahraman; Çıftcı, Ihsan HakkıSu sistemlerinde patojen kontaminasyonu giderek artmakta ve bu durum, özellikle çocuklar arasında gastrointestinal enfeksiyonların artmasına yol açmaktadır. Bu çalışmanın amacı, Sakarya il sınırlarında içme ve kullanma sularındaki Escherichia coli kontaminasyon riskini belirlemek ve izole edilen suşların antibiyotik direnç durumlarını incelemektir. Sakarya ilçelerinden 2023-2024 yılları arasında toplanan 450 su numunesinden E. coli izolasyonu, membran filtreleme yöntemi ve kromojenik koliform agar (CCA) kullanılarak yapıldı. Bakterilerin antibiyotik dirençleri disk difüzyon yöntemi ile değerlendirildi. Çalışmada 450 su numunesinin %15,6'sında E. coli tespit edildi. Geyve ilçesinden alınan su numunelerinin %72'sinde E. coli bulunmuş olup, bu oran diğer ilçelere göre istatistiksel olarak anlamlı derecede yüksek bulundu (p<0.05). İzole edilen suşların %25,71'inin bir veya daha fazla antibiyotiğe dirençli olduğu belirledi. E. coli suşları genel olarak karbapenemler ve 3. kuşak sefalosporinlere duyarlıdır, ancak bazı bakteri izolatlarında penisilin ve sefalosporinlere karşı direnç tespit edildi. Tarım ve hayvancılığın yoğun olduğu bölgelerde içme ve kullanma sularında yüksek E. coli kontaminasyonu ve antibiyotik direnci tespit edilmiştir. Bu durum, yanlış ve aşırı antibiyotik kullanımının bir sonucu olarak görülmektedir. İçme sularındaki bu kontaminasyon, halk sağlığı açısından büyük bir risk oluşturmaktadır. İçme ve kullanma sularındaki E. coli varlığı, suyun dezenfeksiyonunda eksiklikler olduğunu ve fekal kontaminasyon riskini işaret etmektedir. Su arıtma tesislerinin ve dezenfeksiyon yöntemlerinin iyileştirilmesi, antibiyotik direncinin önlenmesi ve halkın bilinçlendirilmesi büyük önem taşımaktadır. Bu çalışmanın sonuçları, suyun güvenli ve hijyenik bir şekilde temin edilmesinin gerekliliğini vurgulamaktadır.Article Pandeminin Gölgesinde Geçen 2 Yıl: Sorularla Covıd-19(2022) Kilbaş, İmdat; Kılbaş, Elmas Pınar Kahraman; Çıftcı, Ihsan HakkıCOVID-19 salgını ilk olarak 2019 yılında Çin’de başlamıştır. SARS-CoV-2 virüsünün neden olduğu bu hastalık kısa süre içinde bir pandemi haline gelmiştir. COVID-19’un beraberinde getirdiği toplumsal problemler, bu hastalıkla ilgili temel ve kanıta dayalı bilgilere yönelik çok sayıda soru gündeme getirmiştir. COVID-19 ile ilgili aşı ve tedavi çalışmaları artan hızda devam etmektedir. Bu makalede, COVID-19’un virolojisi, immünolojisi, tanısı, komorbiditeleri, epidemiyolojisi, tedavisi ve aşı geliştirme çalışmaları hakkında bazı sorular cevaplanmıştır.Article Covıd-19 Enfeksiyonlarında Dizi Analizi Yöntemlerine Genel Bakış(2022) Kılbaş, Elmas Pınar Kahraman; Aslan, Ferhat Gürkan; Altindis, MustafaŞiddetli akut solunum sendromu koronavirüs 2 (SARS-CoV-2), koronavirüs hastalığı 2019'un (COVID-19) etkeni olarak tanımlandı ve genomik veriler ilk olarak 10 Ocak 2020'de Çin tarafından paylaşıldı. O tarihten itibaren, dünya genelinde toplanan örneklerden viral genomu dizilemek için çok büyük çaba harcandı. Yakın geçmişte, kökenleri izlemek ve bulaşıcı ajanların evrimini anlamak, salgınların yayılma zincirlerini araştırmak, hem etkili ve hızlı moleküler tanı testlerinin geliştirilmesini kolaylaştırmak hem de tedavi ve aşıların araştırılmasına katkıda bulunmak için, yeni nesil dizileme (NGS) stratejileri, başarıyla kullanılmıştır. Teknoloji ve bilimdeki son gelişmeler, COVID-19'un etkeni olan ağır akut solunum sendromu koronavirüsü-2'nin (SARS-CoV-2) genomlarının, bir vakanın tanımlanmasından sonraki saatler veya günler içinde dizilenmesine olanak sağlamıştır. Bu sayede, ilk kez, bir pandeminin halk sağlığı ve epidemi boyutu gerçek zamanlı olarak izlenebilmektedir. SARS-CoV-2 genom dizilerinin erken paylaşımı, moleküler tanı testlerinin hızla geliştirilmesine olanak sağlayarak, küresel hazırlığa ve karşı önlemlerin tasarımına katkıda bulunmuştur. Hızlı, büyük ölçekli virüs genom dizilimi, viral salgınların dinamiklerini anlama ve kontrol önlemlerinin etkinliğini değerlendirmede oldukça önemlidir. SARS-CoV-2 gen dizilimi, gelişmiş tanılar, karşı önlemlerin geliştirilmesi ve hastalık epidemiyolojisinin araştırılması dahil olmak üzere birçok farklı alanda kullanılabilir. COVID-19'un etiyolojik ajanının genomik dizisini tam olarak tanımlamak için etkili ve hızlı dizileme yöntemlerinin geliştirilmesi, tanısal moleküler testlerin tasarımı ve pandemi yayılımını azaltmada etkili önlemlerin alınması ve stratejilerin belirlenmesinde temel olmuştur. Mevcut dizilerin sayısından anlaşıldığı gibi, SARS-CoV-2 genomlarına, farklı yaklaşımlar ve dizileme yöntemleri uygulanabilir. Bununla birlikte, her teknoloji ve dizileme yaklaşımının kendi avantajları ve sınırlamaları vardır. Bu derlemede, SARS-CoV-2 genomlarının dizilenmesi için şu andaki mevcut platformlar ve metodolojik yaklaşımlardan bahsedilecektir.Research Project Yeşil Kimya Teknikleri ve Moleküler Docking Yöntemleri ile Yeni Florokinolon Hibrit Moleküllerin Sentezi, Dna Giraz, Topoizomeraz Iv İnhibisyonu ve Antibakteriyel Aktivitelerinin Araştırılması(2021) Durukan, İnci; Kulabaş, Necla; Akdemir, Atilla; Faiz, Özlem; Ayvaz, Aslıhan; Kilic, Ali Osman; Demirbaş, Ahmet; Azafad, İmaneBu projede öncelikle, literatür verilerinden ve grubumuzun daha önceki çalışmalardan elde ettikleri sonuçlara (yapı-aktivite ilişkileri, SAR) dayanılarak DNA giraz ve topoizomeraz IV inhibisyonu göstermesi öngörülen ve florokinolon-heterohalka hibrit bileşikleri içeren sanal veribankası oluşturulmuştur. Daha sonra bu veribankasından ön çalışmalarımızda geliştirdiğimiz ve valide ettiğimiz sanal tarama yöntemleri ile E. coli veya S. aureas DNA giraz veya DNA topoizomeraz IV enzimlerini inhibe etme potansiyeline sahip olan 75 bileşik sentez için önerilmiştir. Sentezlenen bütün bileşikler enzim inhibisyonu ve antimikrobial aktivite deneylerinde test edilmiştir. Sentezlenen bileşiklerin bazılarının giraz ve topoizomeraz IV inhibisyonu göstermemesine karşılık bilinen antibakteriyel ilaçlar olan norfloksazin, siprofloksazin kadar veya onlara yakın derecede antibakteriyel aktivite göstermesi, bunların florokinolon antibiyotiklerinden farklı bir mekanizma üzerinden etki ettiklerini göstermektedir ki bu durum özellikle ilaç direnci probleminin üstesinden gelme çalışmalarına katkı sağlama potansiyeli göstermektedir. Sentez çalışmalarında geleneksel ısıtma veya karıştırma yöntemlerine ilaveten mikrodalga veya ultrasonik ışınlandırma tekniklerinin de denenmiş ve geleneksel yöntemlere üstünlük sağlayan sonuçların elde edilmiş olması, bu çalışmayı yeşil kimya tekniklerinin geliştirilmesi açısından da değerli kılmaktadır.Article Gentamisin Konjuge Selüloz Nanokristallerinin Hazırlanması ve Farklı Mikroorganizmalar Üzerindeki Etkinliğinin Değerlendirilmesi(2021) Gülsu, Aydan; Yüksektepe, EcemTekstil üretiminde ortaya çıkan büyük miktarlardaki atık pamuk malzemesi, çevre sorunlarına ve kaynakların tükenmesine neden olmaktadır. Atık pamuğun geri dönüştürülmesinin en etkili yollarından biri nanokristalin selüloz üretimidir. Selüloz nanokristaller, çeşitli özelliklerinden dolayı biyomedikal uygulamalarda büyük ilgi görmektedir. Bu çalışmada atık pamuktan asit hidrolizi ile selüloz nanokristaller tek aşamada üretilmiştir. Selüloz ekstraksiyonu, atık pamuktan alkali muamelesi ile gerçekleştirildikten sonra selüloz nanokristaller, nitrik asit (%68 w/w) ve hidroklorür asit (%37 w/w) karışımı asit hidroliz metodu ile izole edilmiştir. Selüloz nanokristaller, sodyum periyodat (NaIO4) ile oksitlenerek modifiye edilmiştir. Hazırlanan selüloz nanokristaller, Transmisyon elektron mikroskobu (TEM) ve Fourier dönüşümlü kızılötesi spektroskopisi (FTIR) ile karakterize edildikten sonra gentamisin konjugasyon çalışmaları yapılmıştır. Gentamisin konjuge selüloz nanopartiküllerin, Escherichia coli (E. coli), Staphylococcus aureus (S. aureus), Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa), Klebsiella pneumoniae (K. pneumoniae)'ye karşı antimikrobiyal aktiviteleri ve Candida Albicans'a (C. albicans) karşı antifungal etkisi araştırılmıştır. Sonuçlar, periyodat oksitlenmiş selüloz nanokristallerinin bakteri ve mantar üzerinde etkili olduğunu doğrulamıştır.Article Antimicrobial Effect of Drinkable Lugol Solution(2024) Tunç, Ayşe Karacalı; Sarıtaş, Büşra Merve; Marzi, Mahdi; Dursun, Feray; Kaya, ŞevinThe death rates due to infection in patients receiving long-term antibiotic treatment and hospitalized patients are quite alarming. Treatment of multidrug-resistant strains of Acinetobacter baumannii, Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa and Staphylococcus aureus, which cause widespread nosocomial infection, has become a global problem. Alternative treatment methods are needed for these species, which use all their resistance mechanisms day by day. Recently, it has been seen that iodine (lugol) solution has been used in the treatment of many infections. Significant results are observed, especially for nosocomial and wound infections. The literature on the antimicrobial effect of Lugol solution is very limited. In order to scientifically support such treatments, we aimed to investigate the antimicrobial effect of lugol on resistant bacteria in a laboratory environment. In our laboratory, we have previously isolated Acinetobacter baumannii, Shigella sonneii, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa and Staphylococcus aureus strains with known antibiotic resistance. For these isolates, the agar dilution method prepared with different concentrations of lugol and the Broth Microdilution Method were used. As a result of our study, it was observed that drinkable Lugol solution affects multidrug-resistant microorganisms at very low concentrations. Thus, Lugol's success in infection treatments will be scientifically supported.Article Investigation of the Synergic Effect of the Colistin/Sulbactam Combination in Carbapenem-Resistant <i>acinetobacter Baumannii</I> Complex Strains With Time-Kill and Checkerboard Methods(Bilimsel Tip Yayinevi, 2021) Kilbas, Imdat; Hatipoglu, Huseyin; Kilic, Umit; Kahraman Kilbas, Elmas Pinar; Koroglu, Mehmet; Altindis, Mustafa; Kılbaş, Elmas Pınar KahramanIntroduction: Infections caused by carbapenem-resistant Acinetobacter strains have become very common in recent years, and the most frequently used medicinal treatment is colistin. Combination treatments should also be applied to prevent development of resistance to colistin. This study examines the in vitro synergic effect of the colistin/sulbactam combination in carbapenem-resistant Acinetobacter strains with the time-kill and checkerboard methods. Materials and Methods: Twenty carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii-calcoaceticus complex strains, which were isolated from various clinical samples, were included in this study. Strains were identified with mass spectrometry, and antibiotic sensitivity results were determined with the VITEK 2 (R) system. The in vitro effect and synergic activity of the colistin, sulbactam, and colistin/sulbactam combination on the carbapenem-resistant strains were determined using the time-kill and checkerboard methods. Seventeen strains were examined with the time-kill method, and twenty strains were examined using the checkerboard method. The fractional inhibitory concentration index of strains was calculated for detection of synergic effect. Results: Using the time-kill method applied on the colistin/sulbactam combination showed that the combination had a synergic effect on all 17 strains, while sulbactam alone did not have a bactericidal effect in the studied concentrations. When applying the checkerboard method, it was determined that the colistin/sulbactam combination had a synergic effect on 17 of the strains (85%) and an additive effect on 3 strains (15%), sulbactam had a low effect alone (15%), and colistin was effective on all strains. Conclusion: Study results indicated that the colistin/sulbactam combination had a high level of synergic effect on all studied strains using both methods.Review The Use of Probiotics in the Treatment and Prophylaxis of Various Diseases in Turkiye: a Systematic Review(Bilimsel Tip Yayinevi, 2023) Kilbas, Elmas Pinar Kahraman; Altindis, MustafaThe aim of this study is to analyze the available information on the use of probiotics containing different microorganisms, singly or in combination, in order to investigate the effect of probiotics on the treatment, prophylaxis and microbiota of various diseases. In addition to Pubmed, Google Scholar, SCOPUS, EMBASE, Cochrane Library of Systematic Reviews, CINAHL, AMED, Turkish Medline electronic da- tabases, the gray literature was searched to cover the years 2004-2021. Randomized controlled studies (RCTs) included in the specified selection criteria were brought together. RCTs were evaluated using the Cochrane risk of bias tool. Of the 32 RCTs included in total, only yeast (Saccharomyces spp.) was administered in fourteen, only Lactobacillus spp. in six, Bifidobacterium spp. only in four, and probiotic supplementation containing more than one bacterial strain in six. Only 10/32 of the included studies fully reported the probiotic strain, and 22/32 reported only at the species level. In all nine studies using probiotics for the treatment of diarrhea, probiotics were reported to shorten the duration of diarrhea and length of hospital stay. Four of the five studies reporting the use of probiotics in the treatment of necrotizing enterocolitis reported that probiotics were not effective in reducing the incidence of necrotizing enterocolitis, but could improve nutritional tolerance. In two of the four RCTs investigating the use of probiotics in the treatment of Helicobacter pylori infec- tion, it was stated that the side effects associated with eradication therapy decreased. In both studies conducted for prophylaxis, it was reported that probiotics prevent antibiotic-associated diarrhea. This study shows that probiotics have positive results for the treatment indications and prophylaxis of various diseases. For the sustainability of these health benefits and the safe administration of probiotics, more research is needed that includes strain information and side effect reports.Review Citation - WoS: 3The War Against the Resistance of <i>acinetobacter Baumannii</I>: a Meta-Analysis of Findings in Turkiye(Erciyes Univ Sch Medicine, 2022) Ciftci, Ihsan Hakki; Kilbas, Imdat; Kilbas, Elmas Pinar KahramanObjective: Bacterial resistance to antibiotics continues to be a significant challenge to the global health system. This study was designed to examine changes in the antibiotic resistance of Acinetobacter baumannii (A. baumannii) strains isolated from various clinical samples taken between 2005 and 2020 and to support the development of new antibiotics policies for empirical treatment of multidrug-resistant isolates in Turkiye. Materials and Methods: This meta-analysis included a data search phase, determination of eligibility criteria, qualitative analysis of the studies selected, data extraction, and statistical analyses. All of the data were analyzed according to the Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-Analyses (PRISMA) statement. Results: According to Clinical and Laboratory Standards Institute and/or European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing standards and a random effects model, the breakpoint estimate of A. baumannii strain resistance in Turkiye for ampicillin-sulbactam, ceftazidime, imipenem, meropenem, gentamicin, amikacin, ciprofloxacin, piperacillin-tazobactam, trimethoprim-sulfamethoxazole, netilmicin, colistin, and tigecycline was 90.7%, 92.1%, 86.8%, 87.3%, 72.6%, 63.7%, 88%, 91.2%, 76.7%, 27.1%, 7.9%, and 18.5%, respectively. Conclusion: The reported rates of A. baumannii resistance from different regions demonstrated heterogeneity. Unfortunately, the use of standard antibiotics is unlikely to provide effective therapy throughout Turkiye. New therapy options and protocols are needed.Review Molecular Characterization of Resistance and Virulence Genes in Enterococcus Faecium Strains Isolated Between 2000-2021; Systematic Review(Bilimsel Tip Yayinevi, 2022) Kahraman Kilbas, Elmas Pinar; Kilbas, Imdat; Ciftci, Ihsan Hakki; Kılbaş, Elmas Pınar KahramanIntroduction: The spread of Vancomycin-Resistant Enterococci (VRE) is a major threat in healthcare institutions, especially for patients in the risk group. The aim of this study is to reveal the antibiotic resistance genes, virulence genes and other accompanying factors detected in vancomycin resistant Enterococcus faecium strains isolated from various clinical specimens in different parts of Turkiye. Material and Methods: For this purpose, a systematic search was carried out using different electronic databases between January 2000 and September 2021. A total of 17 studies were evaluated within the scope of systematic review. Results: The vanA gene was detected the most between the years 2000-2007, and no statistically significant difference was found according to the years. The prevalence of the vanB gene was highest between 2008 and 2013, and no statistical difference was found according to the years (p> 0.05). The vanA gene was mostly detected in Eastern Anatolia, Black Sea, Mediterranean and Aegean, vanB Central Anatolia and Southeastern Anatolia regions. No reports related to the vanC gene were found. Since all strains were E. faecium in our study, it is an expected finding that the vanC gene region was never reported. The esp and hyl gene between 2014-2021. Conclusion: The prevalence of resistance and virulence genes among bacteria is a matter of great concern, limiting treatment options. In particular, effective measures should be taken to prevent healthcare-associated VRE infections, and each institution should report its own resistance data.