TR-Dizin İndeksli Yayınlar Koleksiyonu
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.14627/9
Browse
4 results
Search Results
Article Pandeminin Gölgesinde Geçen 2 Yıl: Sorularla Covıd-19(2022) Kilbaş, İmdat; Kılbaş, Elmas Pınar Kahraman; Çıftcı, Ihsan HakkıCOVID-19 salgını ilk olarak 2019 yılında Çin’de başlamıştır. SARS-CoV-2 virüsünün neden olduğu bu hastalık kısa süre içinde bir pandemi haline gelmiştir. COVID-19’un beraberinde getirdiği toplumsal problemler, bu hastalıkla ilgili temel ve kanıta dayalı bilgilere yönelik çok sayıda soru gündeme getirmiştir. COVID-19 ile ilgili aşı ve tedavi çalışmaları artan hızda devam etmektedir. Bu makalede, COVID-19’un virolojisi, immünolojisi, tanısı, komorbiditeleri, epidemiyolojisi, tedavisi ve aşı geliştirme çalışmaları hakkında bazı sorular cevaplanmıştır.Article Covıd-19 Enfeksiyonlarında Dizi Analizi Yöntemlerine Genel Bakış(2022) Kılbaş, Elmas Pınar Kahraman; Aslan, Ferhat Gürkan; Altindis, MustafaŞiddetli akut solunum sendromu koronavirüs 2 (SARS-CoV-2), koronavirüs hastalığı 2019'un (COVID-19) etkeni olarak tanımlandı ve genomik veriler ilk olarak 10 Ocak 2020'de Çin tarafından paylaşıldı. O tarihten itibaren, dünya genelinde toplanan örneklerden viral genomu dizilemek için çok büyük çaba harcandı. Yakın geçmişte, kökenleri izlemek ve bulaşıcı ajanların evrimini anlamak, salgınların yayılma zincirlerini araştırmak, hem etkili ve hızlı moleküler tanı testlerinin geliştirilmesini kolaylaştırmak hem de tedavi ve aşıların araştırılmasına katkıda bulunmak için, yeni nesil dizileme (NGS) stratejileri, başarıyla kullanılmıştır. Teknoloji ve bilimdeki son gelişmeler, COVID-19'un etkeni olan ağır akut solunum sendromu koronavirüsü-2'nin (SARS-CoV-2) genomlarının, bir vakanın tanımlanmasından sonraki saatler veya günler içinde dizilenmesine olanak sağlamıştır. Bu sayede, ilk kez, bir pandeminin halk sağlığı ve epidemi boyutu gerçek zamanlı olarak izlenebilmektedir. SARS-CoV-2 genom dizilerinin erken paylaşımı, moleküler tanı testlerinin hızla geliştirilmesine olanak sağlayarak, küresel hazırlığa ve karşı önlemlerin tasarımına katkıda bulunmuştur. Hızlı, büyük ölçekli virüs genom dizilimi, viral salgınların dinamiklerini anlama ve kontrol önlemlerinin etkinliğini değerlendirmede oldukça önemlidir. SARS-CoV-2 gen dizilimi, gelişmiş tanılar, karşı önlemlerin geliştirilmesi ve hastalık epidemiyolojisinin araştırılması dahil olmak üzere birçok farklı alanda kullanılabilir. COVID-19'un etiyolojik ajanının genomik dizisini tam olarak tanımlamak için etkili ve hızlı dizileme yöntemlerinin geliştirilmesi, tanısal moleküler testlerin tasarımı ve pandemi yayılımını azaltmada etkili önlemlerin alınması ve stratejilerin belirlenmesinde temel olmuştur. Mevcut dizilerin sayısından anlaşıldığı gibi, SARS-CoV-2 genomlarına, farklı yaklaşımlar ve dizileme yöntemleri uygulanabilir. Bununla birlikte, her teknoloji ve dizileme yaklaşımının kendi avantajları ve sınırlamaları vardır. Bu derlemede, SARS-CoV-2 genomlarının dizilenmesi için şu andaki mevcut platformlar ve metodolojik yaklaşımlardan bahsedilecektir.Article Citation - WoS: 1Citation - Scopus: 1In Silico Evaluation of H1-Antihistamine as Potential Inhibitors of SARS-CoV RNA-Dependent RNA Polymerase: Repurposing Study of COVID-19 Therapy(Turkish Pharmacists Association, 2024) Küçükgüzel, İlkay; Kulabaş, Necla; Hamdan, MazınIntroduction: Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2), from the family Coronaviridae, is the seventh known coronavirus to infect humans and cause acute respiratory syndrome. Although vaccination efforts have been conducted against this virus, which emerged in Wuhan, China, in December 2019 and has spread rapidly around the world, the lack of an Food and Drug Administration-approved antiviral agent has made drug repurposing an important approach for emergency response during the COVID-19 pandemic. The aim of this study was to investigate the potential of H1-antihistamines as antiviral agents against SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase enzyme. Materials and Methods: Using molecular docking techniques, we explored the interactions between H1-antihistamines and RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), a key enzyme involved in viral replication. The three-dimensional structure of 37 H1-antihistamine molecules was drawn and their energies were minimized using Spartan 0.4. Subsequently, we conducted a docking study with Autodock Vina to assess the binding affinity of these molecules to the target site. The docking scores and conformations were then visualized using Discovery Studio. Results: The results examined showed that the docking scores of the H1-antihistamines were between 5.0 and 8.3 kcal/mol. These findings suggested that among all the analyzed drugs, bilastine, fexofenadine, montelukast, zafirlukast, mizolastine, and rupatadine might bind with the best binding energy (< -7.0 kcal/mol) and inhibit RdRp, potentially halting the replication of the virus. Conclusion: This study highlights the potential of H1-antihistamines in combating COVID-19 and underscores the value of computational approaches in rapid drug discovery and repurposing efforts. Finally, experimental studies are required to measure the potency of H1-antihistamines before their clinical use against COVID-19 as RdRp inhibitors.Article Citation - WoS: 1Citation - Scopus: 1Molecular Modelling Studies To Suggest Novel Scaffolds Against Sars-Cov Target Enzymes(Marmara University, 2021) Şahin, A.F.; Küçükgüzel, Ş.G.; Akdemir, A.In this study, molecular modelling study of previously synthesized compounds against SARS-CoV-2 target enzyme was performed. A subset of 156 compounds from an in-house database has been subjected to molecular modelling studies against the SARS-CoV-2 ADP-ribose phosphatase (ADRP, NSP3), Papain-like protease (PLpro ), and uridine specific endoribonuclease (NSP15) enzymes. We have identified one compound that is expected to inhibit the SARS-CoV-2 ADRP enzyme and one compound that is expected to inhibit the NSP15 enzyme. © 2021 Marmara University Press ISSN: 2630-6344.